Trabzon Ayasofya Müzesi, yapımı tamamlandıktan sonra 13. yüzyılın sonlarında Bizans İmparatorluğu'nun elindeyken kilise olarak kullanılmıştır. Daha sonra 1461 yılında Osmanlı İmparatorluğu tarafından Trabzon'un fethedilmesiyle camiye dönüştürülmüştür. Cami olarak kullanımı sırasında çeşitli değişiklikler yapılmıştır. Atatürk döneminde ise 1964 yılında müze olarak kullanılmak üzere restore edilmiştir. Ancak, Türkiye'de son yıllarda bazı tartışmalar yaşanmış ve 2020 yılında Trabzon Valiliği tarafından müzenin tekrar cami olarak kullanılması kararı alınmıştır. Ancak bu karar, Türkiye'nin farklı kesimleri arasında tartışmalara neden olmuştur.

Trabzon Ayasofya Cami'nin yapımı sırasında kullanılan taşlar, Trabzon'un gizemli tarihiyle ilgili birçok efsaneye ve hikayeye konu olmuştur. Hikayeye göre, taşların yerlerine yerleştirilmesi sırasında zorlanan bir taş ustası, Hristiyan bir keşişin yardımıyla mucizevi bir şekilde taşları yerlerine yerleştirmiştir.

Efsaneye göre, taş ustası, taşları yerlerine yerleştirmek için çok uğraşmış ancak başarısız olmuştur. Üzgün bir şekilde işi bırakmak üzereyken, yanına yaklaşan bir keşiş ona yardım etmek istediğini söylemiştir. Keşiş, taşların yerlerine yerleştirilmesi için özel bir yöntem kullanmış ve taş ustasına bu yöntemi göstermiştir.

Taş ustası, keşişin gösterdiği yöntemi uygulayarak taşları yerlerine yerleştirmeyi başarmıştır. Ancak olayın ardından keşiş ortadan kaybolmuş ve kimse onun nereden geldiğini veya nereye gittiğini bilmemiştir. Bazıları, keşişin bir melek olduğuna inanmaktadır.

Bu efsane, Trabzon Ayasofya Cami'nin yapımı sırasında kullanılan taşların nasıl yerlerine yerleştirildiği konusunda bir gizem yaratmıştır. Ancak, bu hikaye sadece bir efsane olarak kabul edilir ve tarihi bir gerçekliği yoktur.

Trabzon Ayasofya Cami, 13. yüzyılda inşa edilmiş ve Bizans döneminde bir kilise olarak kullanılmıştır. Daha sonra Osmanlı döneminde cami olarak kullanılmış bir dönem müzeye çevrilmiş ve günümüzde cami olarak hizmet vermektedir. Cami, tarihi birçok eseri barındırmakta olup Trabzon'un tarihine ve kültürüne dair önemli bir bilgi kaynağıdır.

Caminin en dikkat çeken bölümlerinden biri, Hristiyanlık döneminden kalma mozaiklerdir. Mozaikler, Hz. İsa'nın hayatını ve Hristiyanlık inancını anlatan görüntüler içermektedir. Bunların yanı sıra, İmparator I. Aleksios'un portresinin yer aldığı bir diğer mozaik de müzenin en önemli eserlerinden biridir.

Caminin içerisinde ayrıca Trabzon'daki diğer tarihi yapılarla ilgili bilgiler de yer almaktadır. Özellikle, Trabzon'un Pontus Kralı Mithridates VI tarafından kurulan ve Roma İmparatorluğu'na karşı mücadele eden Pontus Krallığı ile ilgili tarihi bilgiler yer almaktadır.

Trabzon Ayasofya Cami, tarihi ve kültürel önemi ile sadece Trabzon'un değil, Türkiye'nin de önemli müzelerinden biridir. Müze, ziyaretçilere Trabzon'un zengin tarihini ve kültürünü keşfetme fırsatı sunmaktadır.